orang-orang yang dianggap PKI atau antek-anteknya, bahkan kepada mereka yang dituding terkait dengan komunis, kendati tanpa bukti yang kuat dan tanpa proses pengadilan. Keseluruhan jumlah korban pembantaian itu masih menjadi misteri hingga kini. Dikutip dari The Indonesian Killings of 1965-1966 (1990) karya Robert Cribb, Angkatan Bersenjata RI memperkirakan jumlah yang dibantai mencapai sekitar satu juta orang. Sedangkan menurut orang-orang komunis yang selamat dari pembantaian dan mengalami trauma, tulis Theodore Friend dalam Indonesian Destinies (2003), perkiraan awal jumlah korban pembantaian terhadap orang-orang yang dituduh PKI dan komunis tidak kurang dari dua juta orang.

Sebagian sejarawan menyepakati setidaknya setengah juta orang dibantai. Oleh M.C. Ricklefs dalam A History of Modern Indonesia since c.1300 (1991), jumlah ini disebut lebih banyak ketimbang peristiwa apa pun dalam sejarah Indonesia. Setelah Orde Baru runtuh, investigasi untuk menguak tragedi pembantaian 1965-1966 mulai diupayakan, kendati tetap saja mengalami hambatan. Pada 23 Juli 2012, Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (Komnas HAM) menyatakan bahwa pembantaian orang-orang yang dituduh komunis itu merupakan pelanggaran HAM berat. Pernyataan Komnas HAM tentang “Hasil Penyelidikan Pelanggaran HAM yang Berat Peristiwa 1965-1966" terungkap, ke-9 pelanggaran itu meliputi: Pembunuhan, pemusnahan, perbudakan, pengusiran/pemindahan penduduk secara paksa, perampasan kemerdekaan atau kebebasan fisik lainnya secara sewenang-wenang, penyiksaan, pemerkosaan dan kejahatan seksual lainnya, penganiayaan, serta penghilangan orang secara paksa.